Інститут обліку створено  згідно  з  наказом  ректора  ДВНЗ «Київський національний  економічний університет  імені Вадима Гетьмана» від  18.10.2010 № 701 «Про створення  Інституту обліку» на виконання Ухвали Вченої  ради Університету від 30.09.2010  з  метою  виконання  Програми інноваційного розвитку університету та реалізації основних завдань, передбачених  «Положенням  про  дослідницький  університет»,  затверджений постановою  Кабінету  Міністрів  України  від  17.02.2010 № 163. Відповідальною за виконання завдань і функцій Інституту призначено доктора економічних наук, професора Світлану Володимирівну Свірко.

У період становлення діяльність Інституту була спрямована переважно на забезпечення підготовки кадрів вищої кваліфікації, зокрема докторів наук, проведення наукових досліджень спільно з колективами кафедр обліково-економічного факультету.

На підставі наказу ректора Університету від 25.10.2016 р. № 754 Інститут обліку очолила доктор економічних наук, професор Наталія Анатоліївна Остап’юк. Враховуючи вимоги часу з монетизації науки вона вивела Інститут на новий щабель розвитку, запровадивши традицію виконувати наукові дослідження та методичні розробки з обліку та аудиту, податкового консультування на замовлення бізнесу. Так, у 2018-2020 роках під егідою Інституту успішно виконали госпрозрахункові науково-дослідні роботи, присвячені адаптації оновлених норм законів України про бухгалтерський облік та аудит в практику діяльності бухгалтерів і аудиторів.  

Згідно з наказом ректора Університету від 15.04.2021 р. № 211 директоркою Інституту обліку стала доктор економічних наук, професор кафедри бухгалтерського обліку та консалтингу Алла Володимирівна Озеран, яка продовжує і розвиває започатковану попередниками діяльність. Інститутом організуються науково-практичні семінари, розширюється співпраця із закладами вищої освіти України, активізується наукова робота студентів. 

На початку 2022 року розпочав фундаментальне дослідження, розраховане на 3 роки, присвячене розвитку системи облікового забпезчення управління інвестиціно-інноваціної діяльності фермерських господарств.